ศูนย์พัฒนาองค์ความรู้ด้านกิจกรรมทางกายประเทศไทย เป็นศูนย์วิชาการภายใต้โครงสร้างการบริหารของสถาบันวิจัยประชากรและสังคม มหาวิทยาลัยมหิดล ทั้งนี้ได้กำหนดให้มีที่ปรึกษาและคณะกรรมการกำกับทิศทางเพื่อทำหน้าที่ให้ข้อแนะนำ คำปรึกษา ตลอดจนการออกแบบการดำเนินกิจกรรมของศูนย์ให้เป็นไปตามแนวทางการขับเคลื่อนและการส่งเสริมกิจกรรมทางกายตามเป้าหมายระดับชาติ อนึ่ง การดำเนินงานของศูนย์จะทำหน้าที่เชื่อมประสานการทำงานของภาคีด้านนโยบาย ภาคีวิชาการ ตลอดจนศูนย์วิชาการต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมกิจกรรมทางกาย ทั้งนี้ได้กำหนดโครงสร้างการทำงานของศูนย์ออกเป็น 7 กลุ่มงาน ดังต่อไปนี้
กลุ่มงานวิจัยพฤติกรรมและปรากฏการณ์สังคม
กลุ่มงานวิจัยและพัฒนา
กลุ่มงานวิเคราะห์สถานการณ์และนโยบาย
กลุ่มงานพัฒนาฐานข้อมูล และการพยากรณ์
กลุ่มงานสื่อสารผลผลิตทางความคิด
กลุ่มงานพัฒนาเครือข่ายทางวิชาการ
กลุ่มงานบริหารและสนับสนุน